Добрый день уважаемые посетители сайта Joomla-PHP.ru! В данной статье мы поговорим с вами о том, как убрать index.php из url-ов внутренних страниц вашего разрабатываемого сайта под управлением php-скрипта Joomla 3.x. Таким образом, мы с вами сделаем адреса внутренних страниц сайта красивыми, без каких либо лишних элементов.
После того, как вы поставили на веб-сервер Joomla 3, все ссылки на сайте имеют в адресах index.php. Чтобы урать данный элемент index.php из ссылок, и соответственно сделать url немного короче и более понятнее, нужно будет сделать ниже приведённые настройки в движке.
1. Необходимо зайти через FTP клиент на ваш сайт, где лежат файлы движка.
2. Необходимо найти в корне вашего сайта файл под названием htaccess.txt
3. Переименуйте файл htaccess.txt в файл с названием вида .htaccess
4. После того как вы переименовали файл, необходимо зайти в админку сайта в настройки (Система > Общие настройки).
5. В настройках вы увидите справа блок "Настройки SEO", где вам необходимо выставить настройки как на скриншоте, и не забыть нажать сохранить. 
После всех проделанных настроек, теперь вы можете переходить на сайт и проверить как будут выводиться адреса внутренних страниц вашего сайта. Если в адресах ссылок index.php остался, то попробуйте очистить кэш сайта, так и кеш в вашем используемом браузере.
На этом всё...Спасибо за внимание, надеюсь что статья вам оказалась полезной.
Основы Joomla CMS